بر اساس نظریه کارشناسان این علوم، چالش های روابط عمومی در ایران را می توان در دو بخش اصلی (تشکیلات، اعتبارات، آموزش، نحوه عمل، نیروی انسانی و وجود نگرش های منفی) و فرعی (نداشتن متولی مشخص، نبود تشکل های حرفه ای کافی و نبود قانون مندی مسئولیت های استراتژیک و حرفه ای روابط عمومی) تقسیم کرد. دستیابی تشکیلاتی را می توان به عنوان نخستین چالش روابط عمومی در سازمان دانست. منظور از دسیابی تشکیلاتی، نبود پویایی در طراحی تشکیلاتی است. نمودارهای تشکیلاتی در تاریخ روابط عمومی ایران حاکی از نبود تفکر و تلاش در ایجاد بخش هایی در تشکیلات روابط عمومی است که متناسب با تحولات اجتماعی ایران باشد. به رغم این که در کشور گرایش زیادی برای حرکت به سمت جامعه مدنی و توانمندی و قابلیت های روابط عمومی وجود دارد، تاکنون کمتر روابط عمومی توانسته است از این وضع برای تسریع روند جریان توسعه خود استفاده کند. چالش دوم روابط عمومی، وابستگی صرف روابط عمومی به مدیریت سازمانی است. این وابستگی کامل گاه خطر مدیریت مداری را در روابط عمومی یک سازمان افزایش می دهد. چالش سازمانی سوم، آمیختگی تشکیلاتی روابط عمومی با سایر بخش های تشکیلاتی سازمان چون اطلاعات، انتشارات، امور بین الملل و حوزه ریاست است. چالش دیگر روابط عمومی، چالش حرفه ای بودن کارکنان و کارشناسان آن است. متأسفانه تعداد نیروهای متخصص و کارشناس در روابط عمومی بسیار اندک است به طوری که این نیروها چه به لحاظ تعداد و چه به لحاظ تخصص، جوابگوی نیاز دستگاه ها نیستند. در طراحی ساختار سازمانی روابط عمومی در هر سازمان باید ویژگی های خاص آن سازمان را لحاظ کرد. نحوه طراحی تشکیلات روابط عمومی در ایران بیانگر ناهمگونی در عنوان های شغلی، واحدهای سازمانی و نحوه نگرش به فعالیت های روابط عمومی است. برای این منظور تدوین الگوی مشخص و ایده آل برای واحدهای روابط عمومی در سازمان ضروری است. یکی از مشکلات اساسی روابط عمومی روزمره گی و درگیر بودن آن با کارهای عادی و جاری است. این امر باعث می شود روابط عمومی از برنامه ریزی های کلان و استراتژیک غافل شود. متأسفانه اکثر روابط عمومی ها با کمبود کارشناس متخصص در علوم ارتباطات مواجه هستند و مشکل دیگر ناآگاهی مدیران ارشد سازمان ها از نقش مؤثر روابط عمومی در اقناع و جلب مشارکت مردم است که این امر مستلزم آموزش های لازم جهت تغییر نگرش مدیران ارشد است. دلیل اینکه روابط عمومی در کشورمان جایگاه واقعی خود را ندارد آنست که مدیران نگرش مثبتی به نقش مدیریتی روابط عمومی ندارند و آن را واحد زائد و مزاحم تلقی می کنند. روابط عمومی کانال ارتباطی سازمان و مخاطبان و انتقال دهنده نظرات، پیشنهادات و انتقادات مخاطبان به سازمان است.

در نحوه فعالیت روابط عمومی آسیب هایی وجود دارد که موجب ناکارآمدی روابط عمومی می شود. مهمترین این آسیب ها عبارتند از :

1- جا به جا شدن وظایف

2- گسترش یافتن وظایف

3- ناهمگون بودن وظایف

4- پیش بینی شدن وظایف

5- موازی بودن وظایف

به همین دلیل پیشنهاد می شود برای رفع این آسیب ها و کاستی ها، ساختار سازمانی مناسب برای روابط عمومی طرح ریزی شود.